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Julien FOSSE

Ministry of Food, Agriculture and Fisheries
Paris, France
julien.fosse@agriculture.gouv.fr
Julien FOSSE (MSc, DVM, PhD) is Veterinary Officer.

Risk assessment - Foodborne zoonoses - Biological hazards - Meat inspection - Slaughterhouses - HACCP

Evaluation des risques - Zoonoses alimentaires - Dangers biologiques - Inspection des viandes - Abattoirs - HACCP

2008: Doctorate in Biology - PhD (University of Rennes 1)
2005: Master of Science - MSc (AgroCampus Ouest - University of Rennes 1)
2005: Certificate in Epidemiology and Biostatistics (University of Paris VI - CESAM)
2004: Certificate in Veterinary Public Health (National Veterinary School of Lyon)
2003: Doctor of Veterinary Medicine - DVM (National Veterinary School of Nantes)

Books

2004
Julien FOSSE, Catherine MAGRAS (2004)  Dangers biologiques et consommation des viandes   Edited by:Lavoisier - Tec & Doc. Paris: Tec et Doc  
Abstract: Les obligations réglementaires relatives à l'hygiène alimentaire et à l'hygiène générale en abattoir ne cessent d'évoluer sous l'impulsion d'instances internationales aussi variées que le Parlement européen ou le Codex Alimentarius. La directive 93/43/CEE, maîtresse en la matière, impose en particulier la mise en place de la démarche HACCP, dont la première étape est l'identification des dangers. Destiné à faciliter l'identification et la caractérisation des dangers biologiques dans le cadre d'une démarche HACCP, cet ouvrage répertorie tous les dangers biologiques (bactéries, virus, parasites, agents transmissibles non conventionnels, amines biogènes) liés à la consommation de viandes, sous la forme de monographies synthétiques, et permet leur identification, en apportant notamment des éléments ciblés de caractérisation (nature, sources, fréquence, gravité) et des moyens de détection en abattoir. Ce guide pratique complet s'adresse aux responsables qualité des abattoirs, aux professionnels des industries de transformation des viandes, ainsi qu'aux agents des services vétérinaires.
Notes:

Journal articles

2011
2010
Julien FOSSE, Michel LAROCHE, Nicolas OUDOT, Albert ROSSERO, Henri SEEGERS, Catherine MAGRAS (2010)  Suivi de la contamination de lots de porcs par Staphylococcus aureus et Yersinia enterocolitica de l'élevage à l'abattoir : une étude exploratoire.   Revue de Médecine Vétérinaire 161: 1. 20-29  
Abstract: La maîtrise des agents de zoonoses alimentaires au long des filières animales, de l'élevage au consommateur, constitue un enjeu sanitaire et économique majeur, au cœur de la réglementation européenne. Parmi les dangers susceptibles d'être transmis à l'homme par la consommation de viande porcine, Staphylococcus aureus et Yersinia enterocolitica n'ont fait l'objet que d'un petit nombre d'études en France. Ce travail avait pour objectif d'étudier la contamination de lots de porcs de l'élevage à l'abattoir par le suivi longitudinal de 36 lots provenant de 9 élevages hors-sol et abattus dans trois abattoirs du Grand Ouest de la France. En élevage, 69 % des lots ont été déclarés positifs à l'égard de Staphylococcus aureus (chiffonnages cutanés) contre 6 % à l'égard de Yersinia enterocolitica (prélèvements de fèces). A l'abattoir, 94 % et 44 % des lots de carcasses ont été déclarées positives à l'égard de Staphylococcus aureus et Yersinia enterocolitica, respectivement. Les données récoltées au sein de cet échantillon n'ont pas permis de mettre en évidence d'indicateur ante ou post mortem fortement associé à la présence de ces dangers. Management of foodborne zoonotic hazards from farm to fork is of major health and economics significance, as issued into the European regulation. Among hazrads tranmissible to humans through pork consumption, Staphylococcus aureus and Yersinia enterocolitica were fewly studied in France. Thiw work purposed to study pigs batches infection from farm to slaughterhouse due to longitudinal study of 36 batches from 9 farms slaughtered into 3 slaughterhouses of the Western region of France. On farm, 69% of batches were considered positive for Staphylococcus aureus (cutaneous swabbing) versus 6% for Yersinia enterocolitica (fecal samples). At slaughter, 94% and 44% of carcasses batches were positive for Staphylococcus aureus and Yersinia enterocolitica, respectively. Data collected into this sample did not show ante or post mortem indicators statistically highly associated with hazards detection.
Notes:
2009
Catherine MAGRAS, Michel LAROCHE, Julien FOSSE (2009)  Sécurité microbiologique des viandes : de nouvelles données quantitatives. Quels apports pour une meilleur maîtrise ?   Bulletin de l'Académie Vétérinaire de France 162: 4/5. 349-355  
Abstract: Les viandes restent fréquemment incriminées dans les zoonoses d’origine alimentaire. Une meilleure maîtrise de leur contamination par les dangers biologiques passe donc par une hiérarchisation de ces dangers pour ensuite conduire une évaluation scientifique des risques d’exposition du consommateur ciblée sur des couples (danger, denrée) d’intérêt. La caractérisation du statut de contamination par la localisation de la contamination et sa quantification permet d’évaluer le risque d’introduction du danger dans la chaîne et le niveau de transfert. Pour les viandes, l’abattoir peut maîtriser ce transfert mais il reste déterminant de la prévalence maximale de contamination des carcasses par les dangers bactériens portés par les animaux et non détectables par l’examen macroscopique. Le niveau global de maîtrise hygiénique des opérations à risque pourrait être quantifié par le calcul du ratio de transfert, et le profil de risque des élevages.
Notes:
Julien FOSSE, Henri SEEGERS, Catherine MAGRAS (2009)  Prevalence and Risk Factors for Bacterial Food-Borne Zoonotic Hazards in Slaughter Pigs: A Review.   Zoonoses Public Health 56: 8. 429-454 Jan  
Abstract: Summary The Hygiene Package and Regulation EC-2160/2003 require information flow from farm to slaughterhouse to enhance European consumers protection in a 'farm to fork' approach. This obligation especially concerns food-borne zoonotic hazards transmitted to humans through pork consumption, such as thermophilic Campylobacter spp., Listeria monocytogenes, Salmonella enterica and Yersinia enterocolitica. Prevalence estimates of these four hazards are affected by the sampling strategy and diagnostic procedure. Individual prevalence estimates for pig carriage (from digestive contents or lymph nodes collected at slaughterhouse) were higher than individual prevalence estimates for pig shedding (from faeces). Among risk factors described in the literature, poor pen cleaning and disinfection after pig departure to slaughterhouse and poor bio-security measures are of major significance. Moreover, whereas wet feed increases the risk of pig infection by L. monocytogenes, dry feed is a risk factor for Salm. enterica. Mixing batches of pigs, notably in fattening herds, represents a risk for the transmission of Salm. enterica and Y. enterocolitica. Whereas small herds are more infected by thermophilic campylobacters and Y. enterocolitica, higher prevalence of Salmonella is observed in large herds due to a more frequent mixing of batches. Antibiotic treatment during the finishing period increases the risk of transmission of Salm. enterica. The forenamed elements should be taken into account to characterize farms in a risk assessment approach and to improve zoonotic hazard management in the pork food chain.
Notes:
2008
Julien FOSSE, Nicolas OUDOT, Michel LAROCHE, Albert ROSSERO, Henri SEEGERS, Catherine MAGRAS (2008)  Contamination de lots de porcs par cinq agents de zoonoses alimentaires bactériennes: variabilité en élevage et à l'abattoir   Epidémiologie et Santé Animale 53: 57-71  
Abstract: Le Paquet Hygiène impose la transmission aux abattoirs d'informations sanitaires d'élevage d'intérêt. La connaissance du statut de contamination des animaux envoyés à l'abattoir vis-à-vis des Campylobacter spp. thermotolérants, Clostridium perfringens, Listeria monocytogenes, Salmonella enterica et Yersinia enterocolitica pourrait ainsi être envisagée. Le statut de contamination de 19 lots de porcs issus de huit élevages et abattus dans trois abattoirs du Grand Ouest a été caractérisé. Le statut de contamination d'un lot a été établi sur l'analyse bactériologique de pools de matières fécales fraîches en élevage, de pools de prélèvements individuels de contenus rectaux, de viande et d'amygdales à l'abattoir. Des différences statistiquement significatives ont été observées pour les prévalences de contamination des matières fécales entre l'élevage et l'abattoir, ainsi que pour la contamination des carcasses en fonction de l'abattoir. Le statut de contamination des carcasses est expliqué par le statut de contamination des animaux abattus, combiné au niveau de maîtrise de l'hygiène en abattoir.
Notes:
Julien FOSSE, Henri SEEGERS, Catherine MAGRAS (2008)  Foodborne zoonoses due to meat: a quantitative approach for a comparative risk assessment applied to pig slaughtering in Europe.   Veterinary Research 39: 1. Jan/Feb  
Abstract: Foodborne zoonoses have a major health impact in industrialised countries. New European food safety regulations were issued to apply risk analysis to the food chain. The severity of foodborne zoonoses and the exposure of humans to biological hazards transmitted by food must be assessed. For meat, inspection at the slaughterhouse is historically the main means of control to protect consumers. However, the levels of detection of biological hazards during meat inspection have not been established in quantitative terms yet. Pork is the most frequently consumed meat in Europe. The aim of this study was to provide elements for quantifying levels of risk for pork consumers and lack of detection by meat inspection. Information concerning hazard identification and characterisation was obtained by the compilation and statistical analysis of data from 440 literature references. The incidence and severity of human cases due to pork consumption in Europe were assessed in order to calculate risk scores. A ratio of non-control was calculated for each biological hazard identified as currently established in Europe, i.e. the incidence of human cases divided by the prevalence of hazards on pork. Salmonella enterica, Yersinia enterocolitica and Campylobacter spp. were characterised by high incidence rates. Listeria monocytogenes, Clostridium botulinum and Mycobacterium spp. showed the highest severity scores. The three main high risk hazards involved in foodborne infections, Y. enterocolitica, S. enterica and Campylobacter spp. are characterised by high non-control ratios and cannot be detected by macroscopic examination of carcasses. New means of hazard control are needed to complement the classical macroscopic examination.
Notes:
Julien FOSSE, Henri SEEGERS, Catherine MAGRAS (2008)  Prioritising the risk of foodborne zoonoses using a quantitative approach: application to foodborne bacterial hazards in pork and beef   Revue Scientifique et Technique de l'Office International des Epizooties 27: 3. 643-655 Dec  
Abstract: Foodborne zoonoses are a major public health concern. Risk analysis, which underpins international policies on food safety and trade in foodstuffs of animal origin, requires that an assessment be made of the occurrence and severity of human cases for each type of foodstuff. However, the tools currently available for quantifying risks are only capable of estimating the consequences of certain diseases. This article proposes an alternative quantitative approach for prioritising the risk of foodborne zoonoses, based on the creation of a typology of hazards and calculating a risk score. A combination of average hospitalisation and mortality rates is used to quantify the severity of human cases. By calculating the percentage of food-associated cases it is possible to estimate the incidence of cases linked specifically with the foodstuff being assessed. This method is illustrated by applying it to bacterial zoonotic hazards in pork and beef and provides a support tool for veterinary public health decision-makers.
Notes:
2007
2006
Julien FOSSE, Michel LAROCHE, Albert ROSSERO, Henri SEEGERS, Catherine MAGRAS (2006)  Recovery methods for detection and quantification of Campylobacter depend on meat matrices and bacteriological or PCR tools.   Journal of Food Protection 69: 9. 2100-2106 Sep  
Abstract: Campylobacter is one of the main causes of human foodborne bacterial disease associated with meat consumption in developed countries. Therefore, the most effective approach for recovery and detection of Campylobacter from meat should be determined. Two hundred ninety pork skin and chine samples were inoculated with Campylobacter jejuni NCTC 11168 and two strains of Campylobacter coli. Campylobacter cells were then recovered from suspensions and enumerated by direct plating. Campylobacter recovery was evaluated by comparing results for two methods of sample collection (swabbing and mechanical pummeling) and three recovery fluids (peptone water, 5% glucose serum, and demineralized water). End-point multiplex PCR was performed to evaluate the compatibility of the recovery fluids with direct PCR detection techniques. Mean recovery ratios differed significantly between pork skin and chine samples. Ratios were higher for mechanical pummeling (0.53 for pork skin and 0.49 for chine) than for swabbing (0.31 and 0.13, respectively). For pork skin, ratios obtained with peptone water (0.50) and with glucose serum (0.55) were higher than those obtained with demineralized water (0.16). Significant differences were not observed for chine samples. Direct multiplex PCR detection of Campylobacter was possible with pork skin samples. The tools for Campylobacter recovery must be appropriate for the meat matrix to be evaluated. In this study, less than 66% of inoculated Campylobacter was recovered from meat. This underestimation must be taken into account for quantitative risk analysis of Campylobacter infection.
Notes:
2004

Conference papers

2011
2008
2007
2006
2005

PhD theses

2008
Julien FOSSE (2008)  Valeur informative d'indicateurs ante et post mortem pour la détection des dangers biologiques pour le consommateur de viande porcine   Université de Rennes 1 Rennes:  
Abstract: La maîtrise des agents de zoonoses alimentaires passe par la mise en œuvre de l'inspection sanitaire en abattoir. L'avènement du concept d'évaluation des risques conduit à interroger la pertinence de ces mesures de maîtrise, notamment pour la filière porcine. Nous avons développé une méthode de hiérarchisation des dangers qui a permis d'identifier les principaux risques biologiques pour le consommateur. Ces dangers sont caractérisés par leur faible détectabilité lors d'un examen macroscopique des carcasses de porc à l'abattoir. Le suivi longitudinal de lots de porcs de l'élevage à l'abattoir a mis en évidence de fortes disparités de statuts de contamination des carcasses en fonction des outils d'abattage. La faible valeur prédictive d'indicateurs post mortem quant au statut de contamination des carcasses a été confirmée.. L'ensemble de ces données a permis de modéliser la transmission des dangers de l'élevage à la carcasse et de proposer un schéma de maîtrise alternatif. Food-borne zoonotic hazards control is notably based on meat inspection at slaughterhouse. The advent of scientific risk assessment must conduct decision makers to assess the appropriateness of hazards control methods, notably for the pork food chain. We developped a methodology of hazards hierarchization which showed that high risk scores hazards are characterized by high ratios of non-control. A longitudinal study from farm to slaughterhouse showed high variation of carcasses statuses of contamination according to slaughterhouses and also quantified the transmission of hazards from pig to carcass. The very low informative value of post mortem indicators was confirmed. Hazards transmission from pigs to carcasses was modelled from these data and a scheme for hazards control based on risk profiling was proposed..
Notes:

Doctorate of Veterinary Medicine

2003

Masters theses

2005
Julien FOSSE (2005)  Définition d'une méthode de récupération des Campylobacter spp. thermotolérants implantés sur des matrices carnées porcines pour leur identification bactériologique et moléculaire.   Université de Rennes 1  
Abstract: Campylobacter jejuni et C. coli constituent une cause majeure de maladie bactérienne d'origine alimentaire chez l'homme, pouvant être associée à la consommation des viandes de porc. Sur matrice carnée, la mise en évidence de ces bactéries repose aujourd'hui sur leur isolement, après culture d'une suspension bactérienne obtenue à partir de la matrice. L'identification d'espèce se fait par biochimie ou par PCR multiplex en point final. Pour une bonne détection des Campylobacter spp. implantés sur matrices carnées, la définition de conditions de récupération optimales pour leur isolement et leur identification moléculaire doit être menée. Pour cela, après avoir dénombré les suspensions obtenues à partir de 290 échantillons de couenne et d'échine inoculés avec C. jejuni NTTC 11168, C. coli 70-81 et une souche sauvage de C. coli, nous avons comparé les rendements de récupération calculés en fonction de la méthode de collecte (écouvillonnage ou stomachage) et du liquide de récupération testés (eau peptonée, eau déminéralisée, sérum glucosé 5 %). Des essais de PCR multiplex en point final, après extraction de l’ADN par ébullition ou à l'aide d'un kit de séparation magnétique, ont été réalisés sur les suspensions bactériennes obtenues. Les rendements de récupération moyens sont significativement différents en fonction de la matrice. Le stomachage conduit significativement à une meilleure récupération (0,51) par rapport à l’écouvillonnage (0,22). L'eau peptonée (0,45) et le sérum glucosé (0,41) permettent un meilleur rendement moyen de récupération que l’eau déminéralisée (0,28). Seul le couple stomachage / sérum glucosé sur couenne autorise une détection des Campylobacter spp. en PCR multiplex pour un niveau élevé de contamination (> 9,4 105 UFC / ml). Le développement de techniques d'immunoconcentration des campylobactéries devrait permettre d'abaisser le seuil de leur détection par PCR sur suspensions de matrices carnées. Campylobacter jejuni and C. coli are one of the main cause of bacterian food disease associated with pork meat consumption. The detection of campylobacters from meat matrix is based on their isolation from bacterial suspension. The identification of campylobacter species is enabled by biochemical methods and multiplex end-point PCR. To detect implanted campylobacters from meat by bacteriological methods and PCR, the definition of the most performant recovery method is needed. 290 pork skin and meat samples were inoculated with C. jejuni 11168, C. coli 70-81 and a wild strain of C. coli. Then campylobacters, from pork skin and meat suspensions, were isolated by direct plating and numbered. We compared the recovery ratios calculated from those numbered samples in function of the mean of recovery (swabbing or mechanical homogenisation ) and the recovery liquids (peptone water, 5 % glucose serum, demineralised water). Furthermore, end-point mPCR was tested to evaluate the compatibility of those recovery liquids with PCR. The extraction of DNA was realized by boiling or by using a paramagnetic kit. Mean recovery ratios varied significantly between pork skin and meat. Nevertheless mean recovery ratio was higher with mechanical homogenisation (0.51) than swabbing (0.22). Mean recovery ratios with peptone water (0.45) and with glucose serum (0.41) were higher than with demineralised water (0.28). Glucose serum can also be used for direct m-PCR assays only on pork skin contaminated with more than 9.4 105 CFU / mL. In the future, specific immunological methods of campylobacters concentration will be needed to lower the detection level of PCR.
Notes:
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